Cuando la Comisión Científica Asesora sobre los hallazgos excepcionales llegó a su final el 19 de noviembre de 2008 se pretendía haber investigado las evidencias a fondo y haberse llegado a una conclusión basada en el recurso a la ciencia multidisciplinar. Nada más lejos de la realidad. La Comisión no investigó las evidencias físicas, si bien evidencias físicas reveladoras existen de sobra: adherencias y incrustaciones sobre las letras, inscripciones en materiales muy duros como ladrillos y huesos que por lógica solo se podrían haber realizado en un momento en el que el soporte estaba todavía blando (antes de la cocción, en hueso fresco), aparte de piezas con hollín en los surcos y posibles zonas de quemadura.
Algunas piezas apenas son legibles dado que están aún cubiertas por costra, evidencia que los filólogos de la comisión no parecen haber interpretado correctamente a la hora de hacer su transcripción e interpretación: la formación de costras sobre una inscripción es un indicador arqueológico de antigüedad.
Las evidencias reseñadas aquí han sido tratadas en el estudio El problema de la falsedad/autenticidad de los ostracones de Iruña-Veleia: evidencias físicas. Este estudio analiza detalladamente las evidencias físicas visibles (desde fotos) en las superficies de las piezas con grafito de Iruña-Veleia, las cuales constituyen, en muchas ocasiones, un claro indicio de su antigüedad. Así, se detecta la presencia de distintos tipos de adherencias que, en algunos casos, llegan a ser costras carbonatadas; también se detectan restos de hollín, huellas de raíces, etc. Por otra parte, se recogen piezas posiblemente grabadas de forma previa a su cocción. Por otro lado se realiza una propuesta analítica concreta, con la que pretende que se podrían confirmar todas las conclusiones preliminares obtenidas tras el estudio del material fotográfico disponible.